鱼苗发瘟可能是由多种病原体引起的，如细菌、病毒、寄生虫等，不同病因用药不同。
如果是细菌性疾病导致鱼苗发瘟，常用的药物有抗生素。例如，土霉素可以用于治疗多种细菌性鱼病。使用时一般将药物溶解后全池泼洒，按照一定的剂量，比如每立方米水体用土霉素3 - 5克左右，但具体用量要根据鱼苗品种和病情严重程度调整。
对于寄生虫引起的鱼苗发瘟，像车轮虫等寄生虫感染时，可用硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）。使用时以每立方米水体0.7克合剂的浓度全池泼洒。不过这种药物毒性较强，使用时要精确计算剂量，避免药物中毒。
如果是病毒性疾病，目前没有特别有效的治疗药物。但可以使用一些增强鱼苗免疫力的药物辅助治疗，如黄芪多糖。它能在一定程度上提高鱼苗的抗病毒能力，一般可以按照每千克饲料添加2 - 3克黄芪多糖拌料投喂。
在用药时，要注意观察鱼苗状态，先在小水体中进行药物试验，确保安全有效后再全池使用。同时，保持水质清洁、稳定，为鱼苗提供良好的生存环境，也有助于鱼苗恢复健康。
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